SEO postavke u Joomli 3 nisu previše različite nego što je to slučaj u prijašnjim verzijama.
Iz mojeg nekog iskustva:
Aktivirati sve postavke kao što je to naveo @Mihael osim (Adds Suffix to URL) jer mislim da je ta opcija nepotrebna. Uvjeren sam da je to tako.
U pravilu ako se počne razmišljati o optimizaciji web stranica i boljem rangiranju u tražilicama pod kojim uglavnom mislimo na Google, dobro je prvo razmisliti o niši u kojoj se sajt nalazi a potom i ključnim riječima za koje želimo neke rezultate. Kad smo malo pročešljali koji kriteriji su nam bitni i što zapravo želimo postići prelazimo na fazu slaganja sadržaja u skladu s tim.
Faza
Onpage seo optimizacije.
To znači aktivno korištenje heading tagova i to na ispravan način. Znači na jednoj stranici jedan H1 tag nekoliko H2 (pet šest ) i naravno ako je moguće ostale h tagove. U H1 tag idu najbitnije ključne riječi odnosno riječ. U h2 malo manje bitne i tako redom. Riječi i izrazi koji su bitni dobro je da se i naglase na neki način (npr. boldano). Stranica mora imati sadržaj koji je zanimljiv i ima svoju publiku koja to želi pročitati i od toga će imati neki korist.
Nadalje druga bitna stvar su slike. U slike idu alt tagovi- oznake u koje se upisuju opisi slike i naravno vezani su za tematiku web stranice pa može i koja bitna riječa opet da ima smisla ....
U url--u web stranice nije loše imati ključnu riječ no bolje je ne pretjerivati. Ključne riječi se ne ubacuju lopatom u sadržaj članka jer se može dobiti kontra efekt

. Treba pisati na prvom mjestu članak za posjetitelje a kao začin koristiti ono s čime želimo postaviti rezultat na tražilici.
Dobro je proučiti Googlove smjernice za seo optimizaciju stranice.
Druga faza razmišljanja bi bila
Offpage SEO.
Ukratko to bi bile aktivnosti na svim drugim web stranicama osim one za koju želimo rezultate.
Ova druga faza je kao što je i @Mihael napisao toliko postala sofisticirana da je prešla u filozofiju i umjetnost

.
Svako ko se bavi time ima svoj neki jedinstveni recept i naravno neke osnovne teorije oko kojih se svi slažu bar dok se ne pojavi neki novi update Google algoritama za rangiranje.
Ukratko u bližoj prošlosti offpage seo je bio većina posla koji se trebao odraditi mada i danas nije daleko...
Ova druga faza obuhvata različite akcije u koje su uključene društvene mreže, direktoriji članaka, linkovi itd..
Malo sam zastranio no to bi bilo neka osnova za razmišljanje.
Za nemogućnost promjene htaccess fajla postoji nekoliko mogućih razloga. Najčešći je što već postoji jedan .htaccess a nije vidljiv i drugi da server ne dopušta kreiranje iz ne znam kojih razloga.
Ako je prvi slučaj u pitanju potrebno je pri kliku na filemanager link otkvačiti da se prikazuju skriveni fajlovi.
ps. Naravno ako je u pitanju Linux server i Cpanel.